Del nombre latino Sebastianus, lo que significaba "de Sebaste". Sebaste era el nombre de una ciudad de Asia Menor, su nombre deriva de σεβαστος griega (sebastos) "venerable" (una traducción del latín Augusto, el título de los emperadores romanos). Según la tradición cristiana, San Sebastián fue un soldado romano del siglo tercero martirizado durante la persecución del emperador Diocleciano. Después de que se descubrió que era un cristiano, que estaba atado a una estaca y se disparó con flechas. Sin embargo, esto no lo mató. Santa Irene de Roma lo curó y volvió a amonestar personalmente Diocleciano, con lo cual el emperador le había golpeado hasta la muerte.
Debido a la popularidad del santo, el nombre entró en uso general en la Europa medieval, especialmente en España y Francia. También se soportan por un rey del siglo 16 de Portugal, que murió en una cruzada contra Marruecos.